Hlavným cieľom cezhraničnej spolupráce INTERREG IIIA je zlepšenie kooperácie medzi susednými krajinami a je zameraná na rozvoj cezhraničných ekonomických a sociálnych centier prostredníctvom spoločných stratégií a projektov udržateľného územného rozvoja.
Priorita 1: Cezhraničná ekonomická spolupráca
- aktívna príprava hospodárskych sektorov v regiónoch na oboch stranách hranice na splnenie výziev rozšírenia EÚ
- stimulácia cezhraničného ekonomického rozvoja pri zachovaní regionálnej nezávislosti a kompetencií
- zvýšenie a adaptácia štandardov na Slovensku k rakúskej úrovni a/alebo úrovni EÚ
Priorita 2: Dostupnosť
- Zlepšenie podmienok dostupnosti v doprave a informačnej technológii, aby bolo dosiahnuté žiaduce životné a ekonomické prostredie
Priorita 3: Cezhraničné organizačné štruktúry a siete
- cezhraničná mobilizácia endogénnych potenciálov
- účinný rozvoj a implementačné štruktúry pre cezhraničnú spoluprácu
Priorita 4: Ľudské zdroje
- redukcia sociálnych rozdielností
- intenzifikácia cezhraničnej spolupráce v oblasti výcviku, vedy a výskumu
- podporovanie riadeného rozvoja zväčšujúcich sa cezhraničných pracovných trhov
Priorita 5: Udržateľný environmentálny rozvoj
- cezhraničný udržateľný rozvoj a regionálna politika ako základ pre systematický, priestorovo a environmentálne kompatibilný rozvoj spoločného hraničného regiónu
- udržateľnosť ako podstatný strategický prvok cezhraničného regionálneho rozvoja
Priorita 6: Špeciálna podpora pre hraničné regióny
Finančné zdroje sú cielené na podporu aktivít, ktoré budú zaručovať hladký prechod v hraničných regiónoch a trvalo udržateľné akceptovanie rozšírenia Európskej Únie širokou verejnosťou. Táto nová priorita je určená pre podporu projektov, ktoré sú priamo spojené s rozšírením Európskej únie a zlepšia konkurencieschopnosť hraničných regiónov.
Priorita 7 : Technická pomoc pre implementáciu programu
Podľa článku 23 predpisu (EK) č. 1260/1999, technická pomoc má za cieľ pomáhať v príprave, podpore, ohodnocovaní a kontrolnej práci zahrnutej v programe a je rozdelená podľa pravidla 11, predpisu (EK) č. 1685/2000 do dvoch oblastí:
- TA-1: Administratívne, implementačné, podporné a riadiace aktivity (na základe pravidla 11, par. 2)
- TA-2: Ostatné aktivity v rámci rozsahu technickej pomoci (na základe pravidla 11, par.3)

