Postavenie a úlohy Hlavného kontrolóra ustanovuje zákon č. 302/2001 Z.z. o samospráve vyšších územných celkov (zákon o samosprávnych krajoch) v znení neskorších predpisov.
Hlavného kontrolóra BSK volí na 6 rokov Zastupiteľstvo BSK, ktoré ho aj odvoláva. Samosprávny kraj zriaďuje Útvar hlavného kontrolóra (ÚHK), ktorý riadi a za jeho činnosť zodpovedá hlavný kontrolór. ÚHK zabezpečuje odborné, administratívne a organizačné veci súvisiace s plnením úloh hlavného kontrolóra. Organizáciu ÚHK ustanovuje zastupiteľstvo v organizačnom poriadku.
Náplňou kontrolnej činnosti Hlavného kontrolóra a ÚHK je kontrola plnenia úloh samosprávneho kraja a najmä:
- kontrola zákonnosti, účinnosti, hospodárnosti a efektívnosti pri nakladaní s rozpočtovými prostriedkami samosprávneho kraja,
- kontrola hospodárenia a nakladania s majetkom a majetkovými právami samosprávneho kraja, majetkom zvereným do správy alebo prenechaným do užívania,
- kontrola príjmov a výdavkov samosprávneho kraja,
- kontrola dodržiavania všeobecne záväzných právnych predpisov vrátane nariadení samosprávneho kraja, plnenia uznesení zastupiteľstva a kontrola dodržiavania interných predpisov,
- kontrola vybavovania sťažností a petícií.
Hlavný kontrolór vypracováva a predkladá zastupiteľstvu:
- stanovisko k návrhu rozpočtu samosprávneho kraja,
- stanovisko k záverečnému účtu samosprávneho kraja,
- raz za šesť mesiacov návrh plánu kontrolnej činnosti a najmenej raz ročne správu o výsledkoch kontrolnej činnosti,
- raz ročne správu o plnení uznesení zastupiteľstva,
- iné správy, stanoviská alebo analýzy podľa požiadaviek zastupiteľstva.
Kontrolná činnosť hlavného kontrolóra sa vzťahuje na tieto subjekty kontroly:
- úrad samosprávneho kraja,
- rozpočtové a príspevkové organizácie a neziskové organizácie zriadené samosprávnym krajom,
- právnické osoby a fyzické osoby, ktorým boli poskytnuté finančné alebo iné prostriedky samosprávneho kraja, v rozsahu nakladania s týmito prostriedkami,
- právnické osoby, v ktorých má samosprávny kraj majetkovú účasť a iné osoby, ktoré nakladajú s majetkom samosprávneho kraja, alebo ktorým bol majetok samosprávneho kraja prenechaný na užívanie, a to v rozsahu dotýkajúcom sa tohto majetku,
- kontrolu plnenia všeobecne záväzných nariadení a uznesení samosprávneho kraja v rámci jeho územnej pôsobnosti.
Ak zo zadania kontrolnej úlohy, alebo zistení pri výkone kontroly vyplynie potreba ďalšieho odborníka, okrem zamestnancov samosprávneho kraja, môže ho hlavný kontrolór písomne poveriť kontrolnou úlohou. Odôvodnenie takéhoto postupu predkladá hlavný kontrolór zastupiteľstvu.
Hlavný kontrolór spolupracuje so štátnymi orgánmi vo veciach kontroly hospodárenia s prostriedkami pridelenými samosprávnemu kraju zo štátneho rozpočtu, alebo zo štrukturálnych fondov Európskej únie.
Hlavný kontrolór sa zúčastňuje na zasadnutiach zastupiteľstva s hlasom poradným, na pozvanie predsedu komisie môže sa zúčastňovať aj na zasadnutiach komisií zriadených zastupiteľstvom. ÚHK je povinný na požiadanie bezodkladne sprístupniť výsledky kontrol poslancom zastupiteľstva alebo predsedovi.